水，属外流水系；西北侧的石羊河、黑河、托来河、疏勒河、党河，属河西走廊内陆水系；哈尔腾河、鱼卡河、塔塔棱河、阿让郭勒河，属柴达木的内陆水系；还有青海湖、哈拉湖两独立的内陆水系。河流流量年际变化较小，而季节变化和日变化较大。祁连山脉东部的乌鞘岭、冷龙岭、日月山一线是中国西北地区内流区与外流区的分界线。此线以东的庄浪河、大通河、湟水皆汇入黄河，此线以西的河流皆为内流河。

    祁连山区植被较好，有许多天然牧场。自海拔2000m向上，植被垂直带分别为荒漠草原带（海拔2000道2300m）、草原带（2300道2600m）、森林草原带（2600道3200m）、灌丛草原带（3200道700m）、草甸草原带（3700到4100m）和冰雪带（>4100m）。其中森林草原带和灌丛草原带是祁连山的水源涵养林，大通河、石羊河、黑河等河流发源于此，是河西走廊绿洲的主要水源。祁连山区的气候变化会直接影响其周围植被的好坏，从而影响当地经济的发展。

    为保护祁连山地区的生态环境，国家于1988年成立了“祁连山国家级自然保护区”。是甘肃省面积最dà 的森林生态系统和野生动物类型的保护区，地处甘肃、青海两省交界处，东起乌鞘岭的松山，西到当金山口，北临河西走廊，南靠柴达木盆地。地跨天祝、肃南、古浪、凉州、永昌、山丹、民乐、甘州八县（区）。下设22个保护站，155个护林站（点），3个木材检查站，1个森林公安局，21个森林公安派出所，全区共有林业职工1466人。区划面积272。2万公顷，林业用地60。7万公顷，分布有高等植物1044种、陆栖脊椎动物229种，森林覆盖率21。3%，境内有冰川2194条、储量615亿立方米，是中国西北地区重要的水源涵养林区，每年涵养调蓄石羊河、黑河、疏勒河三大内陆河72。6亿立方米水源。

    祁连山的平均山脉海拔在4000米～5000米之间，高山积雪形成的硕长而宽阔的冰川地貌奇丽壮观。海拔高度在4000米以上的地方，称为雪线，祁连山的雪线之上，常cháng 会出现逆反的生物奇观。在浅雪的山层之中，有名为雪山草甸植物的蘑菇状蚕缀，还有珍guì 的药材——高山雪莲，以及一种生长在风蚀的岩石下的雪山草。因此，雪莲、蚕缀、雪山草又合称为祁连山雪线上的“岁寒三友”。祁连山草原，它的代表大马营草原在焉支山和祁连山之间的盆地中。每年7、8月间，与草原相接的祁连山依旧银装素裹，而草原上却碧波万顷，马、牛、羊群点缀其中。

    祁连山的浅雪的山层之中，有名为雪山草甸植物的蘑菇状蚕缀，还有珍guì 的药材——高山雪莲，以及一种生长在风蚀的岩石下的雪山草。因此，雪莲、蚕缀、雪山草又合称为祁连山雪线上的“岁寒三友”。 祁连山草原，它的代表大马营草原在焉支山和祁连山之间的盆地中。每年7、8月间，与草原相接的祁连山依旧银装素裹，而草原上却碧波万顷，马、牛、羊群点缀其中。

    祁连山地具典型大陆性气候特征。一般山前低山属荒漠气候，年均温6℃左右，年降水量约150毫米。中山下部属半干旱草原气候，年均温2～5℃，年降水量250～300毫米。中山上部为半湿润森林草原气候，年均温0～1℃，年降水量400～500毫米。亚高山和高山属寒冷湿润气候，年均温-5℃左右，年降水量约800毫米。山地东部气候较湿润，西部较干燥。

    祁连山的夏日塔拉草原，东边是围绕焉支山的大马营滩。焉支山气候温暖，森林密布，山岗上长满了银白色的哈日嘎纳花，山下的川地草原一望无际，天苍苍，野茫茫。夏日塔拉东边肃南裕固族自治县的西嶂—东嶂草原，每当夏季开满了金色的哈日嘎纳花，整个草原一片金黄。温情厚道的尧熬尔牧人驮着自己的白帐篷黑帐篷、赶着畜群，整个夏营地的期间就在这金色花海中游荡。”祁连山的原始森林景区更是风光迷人，立夏之后，山林之中一片一望无际的绿色海洋。祁连山的原始森林区内，有15。7万公顷，200多万立方米的森林资源。是青海省较大的林区之一。这里有云杉、圆柏、杨树等林木以及鞭麻、黑刺、山柳等灌木。此外，祁连山的密林雪岭之中，还有许多游荡的鹿群或奔跑，或徘徊其间，野趣浓烈，生态优美。