曾几何时，在无数个宇宙中流传着那第一使者的事情……

    M80天蝎星球，这里的人们一直生活在和平之中……

    某一天，从太空中飞来的一颗陨石改变了他们的生活……

    无数的异生兽在破坏和毁灭他们的家园……

    危机时刻，天空中出现了一道银色的流星般的光芒……

    那光芒之中的巨人把异生兽击退，这颗行星恢复了以往的平静……

    人们为了之后异生兽的再度来袭，制造了以那银色巨人为样式的机器人——扎基……

    后来因为扎基有了自我意识而暴走，并改造了异生兽来袭击M80天蝎星……

    就在人们绝望的时候，有人提议要炸毁他们的母星，毕竟是自己闯出来的祸，众人都同意这样做……

    M80天蝎星被来访者们炸掉之后，扎基并没有死去，而是被爆炸所产生的黑洞卷入来到了另一个宇宙……

    那道银色光芒之中的巨人得知扎基没有死去的消息之后，便追赶扎基也来到了这个宇宙……

    宇宙之大，想要找到扎基却是不易……

    诺亚，即是那银色巨人，他在寻找扎基的过程中，发现了一头异生兽……

    诺亚怕会酿成当年M80那样的情况，于是把扎基的事情先放下，优先追赶异生兽……

    异生兽THE ONE被诺亚追赶而逃到了地球，诺亚也因为筋疲力尽而不得不暂时留在地球……

    THE ONE在地球上附身到一名叫做有动贵文的男子身上，而诺亚在一次意外之下化为的红色光球撞毁了一名飞行员的战斗机，于是把自己的生命与那名飞行员一心同体……

    那名航空自卫队飞行员的名字叫做真木瞬一，奇迹生还的真木因为The One怪物事件的影响被特殊军事机关BCST视为危险人物并进行强制禁闭监视……

    BCST强制监视真木的目的是为了引诱The One的出现。可是，The One的进化能力十分惊人，迎战的自卫队无法抵抗他的攻击……

    受到The One的袭击，真木舜一被打倒的时候隐藏在体内的赤色发光体发生变化。作为第二个未知生命存在的真木舜一，变身成未知生命体The Next，与The One对立……

    在新宿与THE ONE战斗并将其消灭之后，真木舜一甘愿把生命还给他，并向诺亚讲述了身为父亲无法履行与儿子的约定的遗憾，奈克斯特最终被感动并救回了他的性命，后与之分离化作光沉睡在地球……

    但是……

    The One被消灭后的碎片进化成了强大的“异生兽”……

    近来世界各地不断有“异生兽”作乱的报告，为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT的下属特种部队夜袭队NR（Night Raider），他们的任务就是秘密消灭“异生兽”……

    但是，巨型“异生兽”突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战……

    就在这时，神秘的银色巨人——奈克瑟斯奥特曼出现并为夜袭队解了围……

    奈克瑟斯·奥特曼的适能者——一度失踪的战地摄影师——姫矢准也出现了……

    他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。随后，TLT的切斯特战机进行合体后也可以进入这个空间，与奈克瑟斯一起作战……

    TLT的新队员，孤门一辉，他与和仓队长以及其他的队员一起处理着繁忙的任务……

    可是自从他遇到姬矢准后便对自己的任务以及周围的环境产生了疑问：组织究竟隐藏着怎样的秘密？队员们的过去又是如何的？奈克瑟斯和异生兽的原形到底是什么？……

    孤门和姬矢建立了深厚的友谊，并开始一步步地揭开谜底……

    一天孤门去到女友斋田莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况有异。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去……

    原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德……

    奈克瑟斯与黑暗浮士德展开最后之战时，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡了这一击，黑暗浮士